据台湾媒体报道，吕秀莲在出任民进党代理党主席不到6天后，12日晚以“改革既遥遥无期”、不愿“沦为派系斗争之祭品”为由辞去该职务。

　　有分析称，吕秀莲出任民进党代理党主席，打乱了陈水扁在选后闭关苦思的人事布局，她对党务的积极态度，也引起陈水扁不满。陈水扁目前正遭遇前所未有的挑战，不但党内不团结，还趋近于清算自己。

　　吕秀莲的请辞也引起民进党內一阵错愕，当初推举她担任代理主席的中常委周清玉呼吁党內应全力慰留吕秀莲，大家相忍为党、稳住局势，该检讨的就关起门来检讨，不要再横生枝节。

　　据了解，由于本月3日的县市长选举遭到重大挫败，民进党原党主席苏贞昌请辞，该党中常会上周三(7日)则推举吕秀莲代理主席。吕秀莲是在12日傍晚突然通过其办公室发表声明请辞，引起党内一阵错愕。